指僧众聚居之寺院，尤指禅宗寺院。昔时印度多于都城郊外选择幽静之林地，营建精舍；故僧众止住之处，即以兰若（空闲）、丛林等语称之。经典中对“丛林”一语之解释颇多。如大智度论卷三载，僧众和合居住于一处，犹如树木聚集之丛林，故以之为喻；大庄严论经谓，众僧乃胜智之丛林；又据禅林宝训音义载，“丛林”二字系取其草木不乱生长之义，表示其中有规矩法度。此外，亦有以“贫婆那”为丛林之梵语者，如祖庭事苑卷二（卍续一一三·一五上）：“丛林，梵语贫婆那，此云丛林。”此或系根据阿育王经卷七所载之“贫陀婆那丛林”一语而来；然“贫陀婆那”乃僧院之名，其梵语为 pinda-vana，意译作“饭林”，故不应将其作为丛林之梵语。
丛林通常指禅宗寺院，故又称禅林。又以芳香之栴檀树林比喻佛门龙象所住之清净丛林，故亦称栴檀林。然于后世，教、律等各宗寺院亦仿照禅林制度而称丛林。丛林之中，寺产一切归公，且依一定规矩而容纳十方来住之僧众，其住持人选亦经僧众同意，而由十方名德之合适者出任，故丛林又可称为十方丛林。另据大乘义章卷十三记载，丛林能生智慧、神通等功德，故又称功德丛林。
我国禅宗自六祖慧能之后，以百余年间，禅徒仅以道法相授受，多岩居穴处，或寄住于律宗寺院，龃龉时生，马祖道一乃创丛林，以安禅侣；其后复有百丈怀海以禅众聚处，尊卑不分，说法住持未合规制，遂折衷大小乘经律，制定清规。自此，丛林之制，于焉大备。其后，经唐末五代，至宋代，丛林建置益臻完备，禅众亦以集中居住为常，名德住持之丛林，多在千人以上。北方之丛林始盛于宋代，仁宗时禅道盛弘于汴京；神宗敕命创立慧林、智海二大禅院，后皆成为京师（开封）著名之禅林。至徽宗崇宁二年（1103），宗赜编集禅苑清规时，丛林制度已灿然大备。宋室南渡后，禅宗名僧辈出，所居丛林皆极一时之盛，史弥远遂奏请定江南禅寺为五山十刹。即：余杭径山寺、杭州灵隐寺、净慈寺、宁波天童寺、育王寺等为禅院五山；杭州中天竺寺、湖州道场寺、温州江心寺、金华双林寺、宁波雪窦寺、台州国清寺、福州雪峰寺、建康灵谷寺、苏州万寿寺、虎丘寺等为禅院十刹。至此，丛林制度遂遍行于江南，历久不衰。
丛林规模，初时较小，于一寺之中，仅有方丈、法堂、僧堂及寮舍。以住持为一众之主，尊为长老，居于方丈。初不立佛殿，唯建法堂（后世乃立佛殿）。所有禅众尽入僧堂，依戒腊之久近安排位次，并施行普请法（集体劳动），无论上下，均须参加生产劳动以自给。又置十务（十职），称为寮舍，每舍有首领一人。
于丛林未设之前，寺院首脑为三纲，即上座、寺主、维那（都维那），皆为领导大众维持纲纪之职僧。既设之后，古规所载之执事则有首座、殿主、藏主、庄主、典座、维那、监院、侍者等名目。后世丛林组织日渐庞大，各寺家风不同，住持者多因时制宜，自立执事，名目层出不穷，禅苑清规所载丛林执事之名目即有二十三种。
丛林制度自宋代以来，少有更改。今日所行者，系根据元代敕修百丈清规，更有增益，细分其职别，可达八十种之多。盖丛林执事人员之多寡，各依其规模建制大小而定。一寺之中，方丈为禅林正寝、住持所居之处，故称住持为方丈；又住持为全寺诸堂之头，故又称堂头和尚。住持之下，设有东西两序。西序之重要执事为首座（即古之上座）、西堂、后堂、堂主、书记、知藏、藏主、知客、寮元（云水堂首领）等。东序为监院（即古之寺主，俗称当家）、副寺（知库）、维那、悦众、侍者、庄主等。凡此，均为一般丛林所常设者。此外，列职各专于一务者，有饭头、菜头、火头、水头、碗头（行堂）、钟头、鼓头、门头、园头、浴头（知浴）、圊头（净头）、塔头（塔主）、树头（巡视山林、栽植树木）、柴头、磨头、茶头、炭头，炉头、锅头、桶头、灯头、巡山、夜巡、香灯、司水（禅堂专任）、照客、听用等。以上各种执事，以等级分，可统称为知事人员（一级）、主事人员（二级）及头事人员（三级）。规模较小之丛林，即以主事兼知事。规模较大之丛林，组织完备，内部分工甚细，执法（清规）甚严。方丈之下，基本组织有四，即所谓“四大堂口”：(一)禅堂，为丛林之中心。(二)客堂，职司接待客人及内务。(三)库房，掌管收租及购置物品等事。(四)衣钵寮，住持方丈之事务所。或谓四大堂口指维那寮、客堂、库房、衣钵寮。重要寺务则由住持会同首座等班首及四堂口之上首共议进行。此外有首座寮以安置上座名宿，有侍者寮以安置初学新参，有行者寮以安置杂务行者及童行，有众寮（云水堂）以临时接待过往禅衲，又有蒙堂以安置知事职僧以上之退职人员，有单寮以安置副寺以下之退职人员，有延寿堂以安置老病僧人，有庄田以供禅众从事生产。各堂又各立规约，以资遵守。
丛林之种类，据五灯会元卷十五智门光祚禅师条所举者有四，即：(一)栴檀丛林，(二)荆棘丛林，(三)荆棘丛林而有栴檀围绕，(四)栴檀丛林而有荆棘围绕。此系依据丛林周围所种植之树木以分别之。现今之丛林，以其住持传承方式不同，又可分为子孙丛林（法门丛林）、十方丛林两种。自宋代起，丛林即有甲乙徒弟院、十方住持院、敕差住持院等三种分类。其中，甲乙徒弟院系由自身所度之弟子依序传承，略称为甲乙院；十方住持院系请诸方名宿住持，略称为十方院；敕差住持院系由朝廷给牒任命住持，略称给牒院。甲乙徒弟院采师资相承之世袭制，故又称制度丛林或子孙丛林；十方住持院之住持由官吏监督选举，故又称十方丛林。后世大体沿用此等制度，并无太大变动，惟已无敕差住持院。另外，十方丛林依住持继承制度之不同，又可分为选贤丛林与传法丛林。如镇江金山寺之住持，即依法系相传，称为传法丛林；宁波天童寺自清末寄禅（敬安）重兴后，改为十方选贤制度，称为选贤丛林。民国十三年（1924），厦门南普陀寺改子孙丛林为十方选贤丛林，即依天童寺之选贤方法，订立“十方常住规约”二十条，并规定选举法、住持任期及进退院等手续。此种选举制度成为丛林住持史上之新猷。民国以来之大丛林，以金山江天寺、高旻寺、宝华山隆昌寺、焦山定慧寺、栖霞山栖霞寺、常州天宁寺、宁波天童寺等较为著名。至于台湾之寺庙，多为子孙庙型态，少有以丛林形式接众行化者。
有关丛林中之行事及古德风规之禅宗典籍极多，除各种高僧传、僧宝传之外，各类之清规亦为了解丛林型态、内涵之重要资料，其较重要者，除上举之百丈清规外，另有入众日用清规、入众须知、禅林备用清规、幻住清规、丛林两序须知等。此外，道融之丛林盛事、慧彬之丛林公论、慧洪之林间录、净善之禅林宝训、无愠之山庵杂录等，亦为此类有关丛林行事之重要文献。［杂阿含经卷二十五、宋高僧传卷十二、景德传灯录卷六、卷二十六、丛林校定清规总要、禅林类聚卷九、龟镜文（宗赜）、禅林宝训拈颂、禅林象器笺区界门、厦门南普陀寺志］（参阅“佛教教制”2683、“禅林职位”6466） p6552