化制二教是南山律宗对于教相的判释。该宗把释迦如来一代的教法区分作化制二教。化教是说如来教化众生令得禅定及智慧的教法，在三学中是定慧法门，在三藏中是经论二藏，如四阿含等经，发智、六足等论。泛说因果，通化道俗，所以叫作化教。制教是说如来戒饬众生控制行为的教法，即诸律中所诠的戒学法门如四分、五分、十诵等律。说诸律仪、唯制内众，所以叫作制教。化制二教又叫作化行二教，如《四分律比丘含注戒本疏》卷一说：今以化行二教用分诸藏。又《四分律行事钞资持记》卷一说：一代时教，总归化行。其次，南山律宗更把化教就其义理的浅深判作性空教、相空教、唯识圆教三教，又把制教就四分律学各家的戒本论分别判作实法宗、假名宗、圆教宗三宗，这是南山律宗独有的教判。
化教三教中，性空教是说一切诸法性空无我的教法，此中包括四阿含等经及俱舍、成实等论一切小乘，是把一切诸法用破析的方法来说明人、法无我，这就是析色明空，所以叫它作性空教。相空教是说一切诸法本相是空的教法，此中包括诸《般若经》和这一系统的大乘论部，是直就常人所执着的人、法本身由缘会而生这一现象来说明空无相之理，这就是当体即空，所以叫它作相空教。唯识圆教是说一切唯识性相圆融的教法，此中包括华严、楞伽、法华、涅槃、摄论等大乘经论，是将一切诸法里面的外境看成本来无实，全归唯识，从而起行也属菩萨的甚深妙行，所以以它作唯识圆教。此三教中第一性空教，和慈恩宗三时教判中第一时有教的多分相当；第二相空教，和慈恩宗的第二时空教相当；第三唯识圆教，和慈恩宗的第三时中道教相当。四分律宗原当性空教一分，但道宣律师意欲成立三学圆融无碍，新以判属唯识圆教。
制教三宗是本于四分各家对于戒体的不同解释而判断的。依《四分律删繁补阙行事钞》等所说，戒体，是弟子从师受戒法时所发得而领纳在心胸中的法体，即由授受的作法在心理上构成一种势力而有防非止恶的功能。此中戒体旧译叫作无作，新译叫作无表。唐以前的四分律师本来受《成实论》学说的影响。以戒体为非色非心的不相应行法，法砺的相部一系便完全依此立说，以无作为非色非心，唱非色非心戒体论。怀素的东塔一系，却相信《俱舍论》所说，以无表业为色法，唱色法戒体论。道宣的南山一系于《四分律》表面也按照《成实论》所说，立非色非心戒体。然而依道宣的本意，《四分律》通于大乘，还依唯识宗的义旨，以第八阿赖耶识中的种子即发动思的种子为戒体，而唱心法戒体论。由于四分律各家对戒体解释不同而判制教二宗：一、实法宗，又作有宗，指说一切诸法实有的萨婆多(说一切有)部等，此宗以戒体为有实质的色法，如同《俱舍论》所说。二、假名宗，又作空宗，指说一切诸法唯有假名的昙无德(法藏)部等，此宗以戒体为非色非心的不相应行法，如同《成实论》所说。《四分律删补随机羯磨疏》(卷十五)合释以上二宗，说成实所说正和昙无德四分律相通，而杂心、俱舍所说是解释萨婆多十诵律。三、圆教宗，又作圆宗，指说一切诸法实唯有识的唯识圆教等，此宗以戒体为心法的种子，如法华、涅槃、楞伽等经，摄大乘等论所说。四分律宗正和假名宗相当，然而道宣律师意欲由《四分律》成立一乘圆顿的妙戒，所以在三宗中也把四分律宗判属圆教宗。
化制二教的教判，是于唯识宗有其渊源的。道宣很早便参加玄奘法师领导的译场，掌笔受润文的任务，受玄奘学说的影响很深，所以在化教中，配合《解深密经》的三时立三教，而以唯识为圆教，又在制教中以心法中的种子为戒体，从而力说《四分律》通于大乘。
(黄忏华)